У 2000 годзе, адразу пасля вяртання інстытута размеркавання студэнтаў, ЗБС актыўна вёў кампанію за скасаванне прымусовага размеркавання. ЗБС лічыў, што прымусовае размеркаванне парушае адразу два артыкула Канстытуцыі: 41 і 49, якія адпаведна гарантуюць права на свабодную працу і на бясплатную вышэйшую адукацыю на конкурснай аснове.
Вясной 2000 года, пасля серыі пікетаў, ЗБС пры супрацоўніцтве з дэпутатам Палаты Прадстаўнікоў Навасядам, сабраў
35 тысяч подпісаў у падтрымку адмены
прымусовага размеркавання. Подпісы былі адхіленыя.
Улетку 2001 году ЗБС прыняў актыўны ўдзел у прэзідэнцкай кампаніі, выступаючы за празрыстыя і сумленныя выбары і заклікаючы маладых людзей галасаваць свядома.
У ліпені-жніўні 2001 актывісты правялі серыю пікетаў з заклікам галасаваць на выбарах і не дапусціць фальсіфікацыяў. Аднак, ужо
7 верасня 2001 года, напярэдадні саміх выбараў, пачаўся ціск на арганізацыю: на офісе быў праведзены ператрус і ўсе агітацыйныя матэрыялы былі канфіскаваныя.
У лістападзе 2001 года Вярхоўны Суд пачаў слуханні па ліквідацыі ЗБС на аснове чатырох папярэджанняў. Фармальнымі прычынамі сталі: адсутнасць шыльды з назвай на рускай і беларускай мовах на дзверы офіса, а таксама выкарыстанне слова «Менск» замест «Мінск» у дачыненні да назвы сталіцы, за што ЗБС абвінавачваўся ў парушэньні 20-га арт. Канстытуцыі «Сталіца Рэспублікі Беларусь — горад Мінск».
Тады ЗБС падтрымала АБСЕ, а таксама шматлікія партнёры ўнутры Беларусі і за мяжой. Аднак, нягледзячы на ўсю падтрымку і абсурднасць прад’яўляюцца абвінавачванняў, ЗБС
пазбавілі рэгістрацыі з забаронай на перарэгістрацыю тэрмінам у 15 гадоў. Нягледзячы на фармальную забарону дзейнасці, арганізацыя існавала. У гэтым жа годзе быў створаны першы інфармацыйны інтэрнэт-рэсурс студэнцтва studenty. by, які ўвайшоў за кароткі тэрмін у спіс самых наведвальных сайтаў Беларусі. У 2002−2004 гг. ЗБС рэалізоўваў праект «Адкрыты студэнцкі форум. Думкі ўслых», вынікам якога стала распрацоўка першай Дэкларацыі правоў студэнтаў Беларусі.
У гэты ж час Студэнцкая Думка ўсё больш пераходзіла ў фармат часопіса і стала самым папулярным моладзевым часопісам краіны. З СД супрацоўнічалі буйныя брэнды, такія як Samsung, Levi’s і іншыя, а сама СД выдавалася ў поўным колеры і глянцы. Аднак, ужо ў 2004 годзе сілавікі сталі паляваць за СД: быў забаронены продаж у Белсаюздруку, усе асобнікі СД у кавярнях і грамадскіх пляцоўках былі канфіскаваныя. Пасля ціску, СД давялося перафарматавацца і адысці ад ЗБС. Вынікам стала ўзнікненне адразу 2-х СМІ, якія дзейнічаюць у Беларусі дагэтуль:
34mag.net и
citydog.by. У 2004 годзе ЗБС праводзіў «шэсце бяздомных студэнтаў» праз недахоп інтэрнатаў. Шэсце шырока асвятлялася ў СМІ, удзельнікі былі арыштаваныя.